Kaune, ramioje Širvintų gatvėje, ant 15 numeriu pažymėto pastato kabo lenta, kurioje parašyta “Kauno Žaliakalnio progimnazija”. Tai – viena seniausių mūsų miesto mokymo įstaigų.
1921 m. Kauno sentikių bendruomenė įkūrė pradinę mokyklą rusų tautybės vaikams.
1945 m. mokykla tapo 9-ąja septynmete.
1951 m. mokyklai suteiktas vidurinės mokyklos statusas. Tapo 19-ąja vidurine.
1967 m. pastatytas naujas pastatas.
1994 m. mokykla sujungta su 11-ąja vidurine ir jai suteiktas Levo Karsavino vardas.
1999 m. mokykla reorganizuota į Levo Karsavino pagrindinę mokyklą, atidaryta 1-oji lietuviška klasė.
2003 m. mokykla reorganizuota į lietuviškąją Levo Karsavino pagrindinę mokyklą.
2005 m. mokykla reorganizuota į Levo Karsavino pagrindinę aštuonmetę mokyklą.
2008 m. birželio 27 d. mokykla pervardinta į Kauno Žaliakalnio pagrindinę mokyklą .
2011 m. rugsėjo 1 d. mokykla pervardinta į Kauno Žaliakalnio progimnaziją.
2018 m. rugpjūčio 31 d. prie progimnazijos prijungta Kauno Vinco Bacevičiaus pradinė mokykla.